克孜爾石窟的洞窟形制大致有兩種：一種為僧房，是供僧徒居住坐禪的場所；另一種為佛殿，是供佛徒禮拜和講經說法的地方。佛殿又分為窟室高大、窟門洞開、正壁塑立佛的大佛窟和主室作長方形、內設塔柱的中心柱窟，還有部分是窟室較為規則的方形窟。不同形制的洞窟用途不同。這些不同形制和不同用途的洞窟有規則的修建在一起，組合成一個單元。從配列的情況看，每個單元可能就是一座佛寺。

石窟壁畫

　　克孜爾石窟壁畫，不僅包括飛天、伎樂天、佛塔、菩薩、羅漢、天龍八部、佛本生故事、佛傳故事、經變圖畫，而且還有大量的民間習俗畫：古時的生產和生活場面、西域山水、供養人、飛禽走獸等等。既受到了漢文化的影響，也有對外來文化藝術有選擇地巧妙接受，更是古龜茲畫師非凡的智慧。